小智（松本丽佳配音）、小刚（上田裕二配音）、小夏（饭祖康子配音）继续着他们平常的修炼之旅，来到奥多玛的水上之都参加了一场惊心动魄的水上比赛。奥多马尔流传着一个奇妙的传说，很久很久以前，岛上的一对老年夫妇发现了一对孤儿兄妹。当一个邪恶的恶魔出现时，两兄弟姐妹变成了强大的魔法宝藏，拉迪奥斯和拉迪亚斯。他们击败了邪恶的恶魔，并将一颗名为“灵魂滴珠”的宝石作为守护者赠送给了奥多马尔的人民。时至今日，神圣灵魂的滴落激起了一对盗贼姐妹的垂涎三尺（石宇美子的声音）。他们遇到了一个小聪明，在追踪他们的妹妹拉迪亚斯（由福井富美子配音）时受挫，他们的贪婪导致了这座城市前所未有的灾难。。。这部电影是神奇宝贝系列的第五部剧场版。