在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩,而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察,没有任何动作,好像一切都已经写进了剧本。
由于比武,被自己打成重伤的柔术大师村井离开了人世。姿三四郎(藤田进 饰)觉得心中愧疚,无法面对爱人,所以远走他乡。当他重新踏上故土,却路遇美国大兵欺负弱小平民,正义凛然的他挺身而出,击退了不可一世的美国人。