2008年に放送されたSFアニメ「マクロスF」の劇場版2部作の後編。2009年にロングランヒットを記録した前編「劇場版マクロスF イツワリノウタヒメ」に続き、新天地を目指して宇宙を旅する移民船団「マクロス・フロンティア」を舞台に、ナゾの生命体バジュラとの戦いに身を投じる少年アルトと歌姫シェリル、シェリルにあこがれる少女ランカが織りなすドラマを描く。前編と同じ、テレビ版の総監督を手がけた河森正治が監督を務める。
为了继承父亲小野久郎(也由小山里配音)的遗嘱,高中生小野研吾(由樱井高弘配音)进入贵族学校的深流学院学习如何成为一名合格的校长。而且,在接下来的两年里,研吾还必须在学院里找到一个可以托付一生的婚姻伴侣。
长相平平的安以伦(松冈正雄配音)是一位标准的御宅族,对ACG文化着迷,也是一家游戏俱乐部的制作人。有一天,安艺伦还遇到了一个叫加藤惠的年轻女孩(由安野久史配音)。