在一个风雨交加的晚上,一伙神秘的人策马狂奔向下田村的方向,之后这个村子就爆发了一场瘟疫,所有的村民都死了。在望月番番主的首肯下,甲贺组众忍者前往该村调查,不料路上遇到一个刀枪不入的彪形大汉的袭击,只有忍女阳炎(筱原惠美 配音)在一个男子的帮助下虎口逃生。帮助阳炎的这个人 就是牙神兽兵卫(山寺宏一 配音), 不久之后他中了那个大汉的埋伏,两人一场血斗,最后兽兵卫险胜。这时一个自称是将军手下公义的小老头浊庵(青野武 配音)出现在兽兵卫面前,原来被杀死的大汉是鬼门八人众之一,将军对头的手下,浊庵等公义一直在跟踪他们,但其他公义都被杀了,只有浊庵一直跟踪到这里。浊庵的连哄带骗加诡计,以一百两雇兽兵卫协助他掉查此事,而且据他说鬼门八人众的头是已经被兽兵卫亲手杀死的冰室弦马(乡里大辅 配音),难道死人还能复活?在与鬼门八人众的交手中,阳炎再次出现并且救了兽兵卫,但她说这只是为了报恩。真的是这样吗……
拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ,这名字在日语中带有“深青”的意义),是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明,而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因,使得他能够看见人眼所不能看到的东西,如粒径为20nm大小的光粒子,红外线、紫外线等等(但在外太空这一特殊生理受到限制)。小时与诊疗所里的老医生深井 敏夫一同生活,现正在Generation Blue(蓝色世代)中。 女主角的名字将是阿拉塔·娜露,同样是13岁,是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达,是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能,这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长,从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合,但正是因为这样,导致她自小身体虚弱,需要把氧气放入在手上的吸氧器,现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。 本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上,当时的磐户岛正进行著自治权回复运动,但在某一天,在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击,而为了保护磐户岛,男主角青与人型IFO(Intelligent Flying Object)相遇,并与G-Monster战斗的故事就此展开。
是秋天和未来认为,尽管这场战斗结束了,但通常的一天已经开始,对未来的记忆也消失了。即使到了新学期,对未来的记忆也没有回来,而那个升入高中三年级的秋天的人想要未来的幸福,为了躲避她而活着。。。