1968年越前海岸三里浜,因不满老大安本富藏(西村晃 饰)独霸组织经营权,富安组•安本组若头川田登(松方弘树 饰)使用武力逼其交出游艇、赛马等行业的权力。交易虽然达成,但安本对川田恨之入骨。人類と怪獣との長い戦いは終結し、平和が訪れた。そんな時代に、怪獣の魂を宿し、怪獣の姿に変身できる少女“怪獣娘”たちが現れる。彼女たちを集めて結成された特別組織“GIRLS”に、新人としてアギラ、ミクラス、ウインダムの3人が配備されることに。