为了对抗突然出现的人类敌人“尼禄”，世界各国组成了一支联合军队。但只有拥有特殊魔法的女孩才能对抗她们。由联合部队领导的柏林夺回行动终于开始了，第501联合作战航空团“对女巫的袭击”再次组建了一支军队。
本久进入了雄英高中，这是一所著名的高中，在那里涌现了许多英雄。为了成为一个以“个性”拯救社会和人民的英雄，他和同学们一起度过了每一个充满挑战的日子。尽管奥尔默特击败了他的宿敌All For One，但他也耗尽了自己的力量，从职业英雄中退役。本久继承了他的遗产，获得了“职业英雄临时许可证”，离成为“最佳英雄”又近了一步。就在这时，本久遇到了一个叫童兴伟的三年级学生，他在雄鹰三巨头之一的职业英雄野木爵士手下校外实习。其压倒性的实力使本酒更加渴望在能够真正从事英雄活动的专业英雄公司参加校外实习。另一方面，躁动不安的“恶棍”团体，死土八章的年轻领袖，走近了继承了All For One意志的敌人“恶棍”联盟领袖死柄木雕。之后，在修炼者旁边，出现了一个年轻女孩的身影。本久和英雄候选人即将对抗新的“威胁”，新的“使命”挑战也开始了！！
三人路过一个山村，这里连年遭受天灾，村民认为惹恼了山中的恶魔，于是希望献上童女高高以平息恶魔的诅咒。悟天等人为救高高，答应帮村民除掉恶魔，却撞见了从沉睡中苏醒的布洛迪。一场大战在所难免……
