位于东京西部的一座巨大的“校园城市”。在这个拥有230万总人口的城市,其中约80%是学生,正在实施超级大国发展的专门课程,学生的能力从“0级无能”到“5级超级大国”分六个阶段进行评估。在这样一个学校公园城市里,最强、能力最强的一个正在通过。这个被称为“疫苗世界”的地方在维度上与地球不同,是一个和平稳定的世界,四季如春。有一天,被封在那里的病毒之王“黑暗恶魔”逃跑了,朝着地球的方向逃跑。被这件事困扰的疫苗行业女神玛雅命令学徒守护兽麦丸追捕黑暗恶魔和他们所生的病毒。