一只名叫“卡巴内”的钢铁怪物突然出现在人类社会中，引起了极大的恐慌。被它们攻击过的人类将有能力从死亡中复活，并开始攻击自己的物种。在怪物的猛烈攻击下，人类社会迅速解体，幸存的人们建立了堡垒“驿站”，依靠相互交流和生存。
司馬博士殺される原因となったのは、彼が発掘した銅鐸が、敵の古代帝国である邪魔台国の重要な秘密を握っていたためだ。それが今、司馬宙の体内に埋め込まれている。その銅鐸を奪うために、古代よりの侵略者、女王ヒミカとその配下たちが操るハニワ幻人が襲来する。卯月美和の乗るビッグシューターから射出されるジーグのパーツと、頭部に変形する宙が合体、鋼鉄ジーグとなって磁力を駆使した戦闘用オプションパーツを使いハニワ幻人を倒し、ヒミカの野望を打ち砕く！
