“新生篇章”的内容延续自第24集的内容：在第17使徒被消灭后，SEELE向NERV发出命令，要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而，秀吉并不同意SEELE的做法，并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为，并决定彻底消灭NERV。黎明时分，NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击，他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机，葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机，并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上，Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
鹈野涡芽（大桥彩香 配音）是一名平凡的十五岁少女，一天，涡芽搭乘电车外出，在车上遇见了一个怪人，整个人不由分说的塞给了涡芽一叠名为“Fantasista Doll”的卡片。
露西亚，来自北太平洋的美人鱼公主，登陆寻找她七年前由海中拯救的男孩，当时这位男孩溺水了，她用粉红色的真珠救了他一命，并且把她最珍贵的粉红色珍珠交给那位男孩。
