2010年,小学教员市川新市(哀川翔 饰)变身斑马人,打败了前来入侵的外星人,成为全人类的偶像。但在此之后,市川却神秘消失,行踪不明。转眼15年过去,日本发生巨大的改变。正邪颠倒,罪恶横行。东京更名斑马城,每天都有5分钟被称为“斑马时间”。在《Fairy gone》世界中,有着能将妖精作为兵器所操使的“妖精兵”存在。而在故事中,距离战争9年后那不稳定的政局,因战争受到伤害展开复仇的恐怖份子因此出现。