位于北神道、原宿和青山三条街交界处的一所新成立的私立结之丘女子高中迎来了今年的第一批学生。在一所没有历史、没有高年级学生、没有名气、也没有什么可要求的新学校里，以涩谷和美为中心的五个年轻女孩遇到了她们的“学校偶像”。
物理学家海因茨·施奈德谋杀案的主要嫌疑人爱丽丝被黑社会悬赏。女赏金猎人娜迪在墨西哥遇到了爱丽丝，但爱丽丝并不是来逮捕她的，而是应雇主的要求来保护她。爱丽丝要去南方的家乡，娜迪决定陪她一起旅行。
值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
