故事发生在东京。随着世界上最大的体育赛事WSG即将举行,知名公司的高级官员在赞助商的鸡尾酒会上接连被绑架,从新名古屋站到东京最高时速1000公里的真空超导磁悬浮列车也卷入其中。一个引起国际关注的重大案件正在展开。
1989年,日本。乔纳森·乔斯达和迪欧决战一百年后,迪欧复活了。与此同时,约瑟夫的孙子近条太郎发现他有替身的能力,而迪欧的复活影响了对替身没有抵抗力的母亲,并陷入了危急状态;为了救他垂死的母亲,成太郎和约瑟夫出发前往DIO所在地——埃及。
正邪不能两立,光明与黑暗永远敌对。远古时期,正义的魔弹战士们为了世界的和平,早已开始和邪恶的魔物对抗,在双方实力平分秋色之下,魔弹战士失去了能量,而魔物的大魔王幽缘魔魂则化成原始的卵。