故事发生在一个非常炎热的夏天，Kisaka Yoshihiro（Kishio Daisuke配音）是一名高中生，他似乎对一切都漠不关心。一天，一个名叫夜明映梦（水树奈奈配音）的年轻女孩出现在他面前，后面跟着一个叫灵魂兽的可怕怪物袭击了她。
11岁时，一个名叫Ashikaga Taichi（藤田淑子配音）的小男孩与他的朋友石田大和（Kazuma Yuko配音）、武内空子（Mizuya Yuko配音。然而，他出乎意料地神秘地被带到了一个五彩缤纷的数字世界。在那里，他们找到了一个叫“数码宝贝”的伙伴。进入数字世界后，八神太乙和他的同伴们遇到了凶猛的怪物贝壳兽。就在所有人都快要被抓住的时候，太一的古老野兽突然进化成了霸王龙并救了他们。进化究竟是如何对事件做出反应的？什么是数字世界？无数的谜团出现在被选中的孩子面前，激动人心的冒险就这样开始了
1989年，日本。乔纳森·乔斯达和迪欧决战一百年后，迪欧复活了。与此同时，约瑟夫的孙子近条太郎发现他有替身的能力，而迪欧的复活影响了对替身没有抵抗力的母亲，并陷入了危急状态；为了救他垂死的母亲，成太郎和约瑟夫出发前往DIO所在地——埃及。
