《橘子》讲述了女主角高木才穗（Takagi Caisui）的故事，她在开学时收到了26岁的自己的一封信，希望自己能根据信的内容做出更好的选择。
故事发生在虚构的近崎市，那里有一个名为“月光”的间谍组织，由敏捷的女孩组成。每天晚上，女孩们的身影在月影下穿梭在城市的角落，守护着城市和市民的安全。犯罪组织“旺良”一直盯着近崎市，并一再入侵，使他们成为月影最大、最难对付的对手。
长相平平的安以伦（松冈正雄配音）是一位标准的御宅族，对ACG文化着迷，也是一家游戏俱乐部的制作人。有一天，安艺伦还遇到了一个叫加藤惠的年轻女孩（由安野久史配音）。
