经过多次测试,这个年轻人终于完成了他的第一项任务。不久前,一名犹太科学家被暗杀,他的黑色笔记本上记录着最新的武器设计图纸,据说落入了美国大使欧内斯特·格雷厄姆(理查德·莫斯饰演)手中。这名年轻人的化名是加藤次郎,他来到了这个被称为魔都的城市,并伺机偷走了他的笔记。与此同时,来自英国、苏联和德国等国的间谍也被这一消息煽动起来,间谍战争的顶峰即将开始。。。这部电影改编自刘光四的同名小说系列。
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。