2019年,现代科技高度发达,机器人普及到人类世界的方方面面。中央种子岛高中机器人部,是一个只有两个人的小团体,痴迷于掌上游戏的八汐海翔(木村良平 饰)和超级喜欢机器人的部长濑乃宫秋穗(南条爱乃 饰),面临因人数过少而废部的局面。
某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。
加纳神一(由华江夏树配音)是一个真正的宅男。在他的第一次告白被拒绝后,深一开始了一段深刻而极简的宅男生活。然而,一直呆在家里并不是一个解决办法。考虑到这个想法,申一决定出去工作。在一次可疑的采访后,申一出人意料地成为了“安慕克掌门人”。