另一方面，拥有测定型未来视的职业炸弹狂魔仓密目琉夏，利用自己构建的未来制造一系列恐怖袭击事件，直到他遭遇冷静干练的两仪式（坂本真绫 配音），命运的齿轮开始转动。转眼来到2010年，失去了未来视能力的瓶仓光瑠（石田彰 配音）转行做了绘本画家，命运安排他和两仪式及其女儿未那（金元寿子 配音）相逢，此后他和崇拜自己的未那拜访了传奇占卜师观布子之母…… 本片根据奈须蘑菇以及武内崇创作的同名原作改编。
本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
暂时定居在阿斯卡岛的草帽海盗被海军追捕，而原本守卫该船的索伦却神秘失踪。在娜美的坚持下，所有人都回到了岛上，却发现了一个奇怪的地方，在那里他们遇到了美丽的女孩玛雅，玛雅手里拿着三块美丽的玉。另一方面，索伦在岛上的海军道场与他的前盟友萨卡重聚。由于与玛雅的关系，索伦和尚吉士展开了一场激烈的战斗。而这一切都与萨卡手中的七星剑有关。隐藏在这把传奇剑中的秘密逐渐浮出水面
