故事发生在遥远的2020年,在与神秘生物“原生动物”的战争中,人类第一次体验到了彻底失败的滋味。土地被剥夺,权利被挤压,在残酷的独裁统治下,人类被迫过着压抑的生活,过着贫困的生活。然而,即便如此,强者仍然没有放弃反抗的机会。
然而邪恶的四斗神趁小岛结界虚弱之际潜入,污染鸣动之窑,对岛上居民进行无情统治和屠杀。在戈薇到达战国时代的50年前,犬夜叉曾和桔梗乘船登上蓬莱,结果遭遇四斗神。在交战中,犬夜叉的力量被四斗神封印。 50年后,蓬莱岛再次出现。半妖阿蓝趁机逃出,遭到四斗神一路追杀,最后幸被犬夜叉一行救下。为了拯救岛上居民,犬夜叉、戈薇等人决定踏入蓬莱。另一方面,阿蓝的姐姐浅葱决定跳入窑中保全兄弟姐妹们的性命……