然而,医生仍然无法接受失去孩子的痛苦,也无法正确治疗阿童木,因为他认为阿童木不是人而抛弃了他。阿童木成了一个无家可归的流浪者,也被各地的军队通缉,最终被抓获。军方要求天马博士去除阿童木的能量,并将其转化为军用机器人的能源。在最后一刻,天马医生突然醒来,协助阿童木逃跑。面对军方的追击和拦截,阿童木奋起反抗,最终,一场惊天动地的战争迫在眉睫。在不断旅行的过程中,阿童木逐渐长大,他也接受了自己将机械与人类结合的设计,肩负起了全人类生存的责任。
西元2199年,来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国,为了挽救母星的危亡,开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败,同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。
Karul Abbas(华江夏树配音)也有着显赫的背景和悲伤的过去,他以平民的身份登上了Isla,和他没有血缘关系的妹妹Ariel(朱达·蔡奈配音)一起在Kegs高中学习航空。