21世纪。人类终于实现了与其他智慧生物的接触。但这次相遇并不是一件幸福的事情。从黑社会入侵的怪物使大多数现代武器失效，人类的命运就像风中的蜡烛。但在同样饱受黑社会之苦的精灵环境条约机构的帮助下，人类实现了复活游戏。这就是那个神奇的女孩。
その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
平凡的高中男生神乐坂公人（田丸笃志 配音）被选中成为庶民样本，被迫入读了清华女校，成为了校园中唯一存在的雄性生物。 个性傲娇内向却意外单纯的天空桥爱佳（芹泽优 配音）、成熟善良温柔稳重的金发美少女有栖川丽子（立花理香 配音）、超高智商和超级天然呆属性并存的汐留白亚（桑原由气 配音）、出生武术世家的神领可怜（森永千才 配音），当这些高贵的大小姐们接二连三的出现在公人的身边时，会发生怎样有趣的故事呢？
