时间来到最终决战的两年后，在本应已迎来和平的地球上，怪兽们再度倾巢而出。 与此同时，世界各地相继发生了各种入侵超古代遗迹的事件。而GUTS-SELECT（精英胜利队）也迎来了新的队长——时冈（中村优一 饰），众人开启了调查。
《光之心》的故事开始于一天，男主人公里克在温达里亚岛海岸发现了一个名叫惠叶的神秘女孩。后来，她发现自己的记忆和情绪已经丧失，通过与岛上居民的精神交流，慧叶逐渐恢复了自己的情绪。
木月自杀后，她带着无法弥补的痛苦离开了青梅竹马的恋人直子（菊地林子饰演）和他们的好朋友渡边（松山贤一饰演）。为了忘记痛苦的回忆，渡边选择了在东京学习。在新的环境下，渡边几乎忘记了过去的一切，直到有一天他遇到了直子。
