在这个世界中，除了人类和妖怪外，还存在着另一个物种——人类和妖怪结合产生的返祖妖怪。由于其不纯正的血统，返祖妖怪经常会被同类驱逐甚至追杀，因此，一间专门为返祖妖怪提供庇护的“妖馆”应运而生。
就读初中的女孩Kikawa Toshiko（由Yu Cangi配音）因父母离婚而转学到石竹森学院。让她有点沮丧的是，她的同学们用诡异的眼神看着她，甚至与她保持着尊重的距离。
这部电影告诉了山口组的两名成员Shimichiro（铃木信一饰演）和Yoshihiro（久石义弘饰演）调查未决案件的故事。三年前，当一郎呼吁对尚未解决的问题进行重新调查时；小丑案；在失踪案中，他被指派调查另一项完全不同的任务。
