並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦,命名為「馬克羅斯」(MACROSS,德文「大宇宙」之意)。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂,在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後,在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天,在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射,並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦!事已至如此頓時成了趕鴨子上架,不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰,並讓馬克羅斯升空啟航,以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥,並救起了一位名叫林明美的少女,且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛,卻也開始介入了戰事的發展之中,甚而成為主導後來歷史走向的契機……
由“国家组织CIRS”新设的特殊技能训练校“美滨学园”……因各种原因失去归所的少女们被交付的是,枪与实弹。使用手枪的玲奈、擅长狙击的桐花、炸弹与信息处理的克莉丝、负责谍报活动的忍者邑沙季。
新天地に夢を求めて、東京から西伊豆の港町にある高校に美人教師・三村靖子が転任してくる。ところが、生徒たちはチンピラ同様の生活をしている猛獣のような連中ばかり。靖子は、一念発起、ラクビー部を創設し彼らの更正に乗り出すが、彼らの兄貴分であるストリップ興業師の祐吉とのあらぬ噂が立ってしまい…。