夜幕降临，不同生活和经历的人们蜂拥而至，登上了太平洋航空公司飞往东京的7500航班的机舱。喜悦、愤怒、悲伤和喜悦都会在不经意间流露出来。他们中的一些人正在与婚外情作斗争，一些人正在经历婚姻冲突，一些人无耻地渴望外遇，一些人担心意外怀孕的可能性，还有一些人沉浸在蜜月的浪漫中而不关心他人。过了一会儿，飞机起飞了，意外地遇到了强烈的气流。结果，一个穿着得体、坐着的男人突然心脏病发作了。尽管所有人都救了他，但他不幸在船上突然死亡。在与地面进行了短暂的协商后，机组人员清理了上层舱，并将尸体暂时放置在那里。似乎从这开始，在接下来的八个小时内，飞机内弥漫着可怕而诡异的气氛，有着不同想法的乘客和机组人员经历了他们生活中最重大的变化
而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。 园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……
无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。 而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。 兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。
