由于长距离子空间导航造成的时间和空间扭曲,导致人类返回的地方在20000年后变成了“地球””。在这个地球上,主人公庆南等人在被哥斯拉攻击的同时,与埃切弗族和比尔沙尔德族的外星人一起,实施了20年的“对抗哥斯拉的战术”,并通过一场致命的战斗成功击败了哥斯拉。但喜悦并没有持续太久。真正的哥斯拉“哥斯拉地球“隐藏在地下深处的东西出现了。在长达2万年的持续生长和生存过程中,青南和其他人在哥斯拉压倒性的破坏力面前分崩离析,哥斯拉进化成了这种姿态。拯救青南的人被认为是人类的残余,即米亚纳的富图阿人。富图阿是他们在地球上遇到的第一个人类。他们会是人类的后代吗。“福图亚之神也被哥斯拉打败了,现在只剩下鸡蛋了。挑战者和抗议者都被火焰吞噬了,消失了。”面对他们,庆南回答说,“这是用人手夺回地球的最后机会。”,注意到Fortuya使用的箭头是由“对金属体和纳米的自律思考”制成的,他很高兴。这是由与“机械哥斯拉”相同的材料组成的,他们在21世纪在富士山脚下开发了“对抗哥斯拉的决定性武器”,并在启动前被摧毁。这恰恰证明了当时的开发设备在今天仍然存在。
美月(桥本千波 配音)和夕哉(间岛淳司 配音)虽然身为兄妹,却并没有血缘关系,父母的重新结合让两人住到了同一屋檐下。个性有些傲娇的美月对夕哉这个突如其来的“哥哥”态度十分冷淡,但随着时间的推移,美月发现了夕哉善良的一面。
预定为OAD三部作,故事设定在智世成为学院的旁听生之前的时间点,斯普利甘带着诡异的马拜访宅邸,并留下了「今次亡灵猎团的样子很奇怪」的信息。另一方面,对身处的环境、与好友分离、陌生的土地感到厌烦的少年加百列,也与魔法使的世界相遇了。