然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。
所谓S•A班就是special A班，尖子班中的尖子班，只有全年级前七名的精英学生才能进入S•A班。但是光在这里依然打不败全年级第一的彗，还被彗戏谑地称作永远的第二名。除了彗和光，S•A班里还有第三名、第四名的天才音乐家的孩子山本纯（代永翼 配音）和山本芽（高垣彩阳 配音）双胞胎兄妹；第五名的学院理事长的儿子狩野宙（下野紘 配音）；第六名的航空公司社长千金东堂明（生天目仁美 配音）；第七名的体育用品公司社长的儿子辻龙（堀江一真 配音）。光一次次挑战彗的故事还在继续……
