故事发生在灵地学院,在那里,小森伟(莫炳丽惠配音)是一名新转学的学生,她除了拥有能看到鬼魂的超自然体格外,与所有同龄的女高中生没有什么不同。在一次意外中,小伟与反转卷轴家族神秘的六兄弟成为了室友。
卡卡西(井上和彦 配音)等人则负责侦查空之团的老巢,鸣人(竹内顺子 配音)、小樱(中村千绘 配音)、雏田(水樹奈々 配音)受命组成三人医疗小队,协助名医神农(石塚運昇 配音)前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面,病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成,他命佐助(杉山纪彰 配音)前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。