不知道多久前,世界各地出现了专门猎杀人类的巨人,可怕的天敌的出现最终导致了人类文明的衰落和逆转。为了防止巨人无休止的狩猎,人类建造了三堵高墙来保护自己,仿佛一百年过去了。年轻的艾伦(三浦春马饰演)厌倦了被监禁。
这起事件给了良太沉重的打击与创伤,因此他才希望代替黑猫仰望星空,找到传说中的外星人。这一天,美丽女孩黑羽宁子(种田梨沙 配音)转到良太的班级,他惊讶地发现,黑羽竟和黑猫长得极其相像。宁子是个奇怪神秘的女孩,她不会九九乘法,却能够预测他人的死期。她在暴雨中拯救了本该死去的良太,并向对方透露了其魔法使的身份。为了保护良太,宁子拒绝与之过多接触。然而好奇心十足且对过去抱着诸多疑问的良太,还是义无返顾闯入了一个神秘而危险的世界…… 本片根据冈本伦的原作改编。