纯子在迷糊中答应了社长的私人请求,即帮忙调查新日本葬礼社社长的密室死亡案件。 而芹泽这边,因为纯子的原因意外被关进了银行的金库里,在大家都焦头烂额的情况下,来自保安公司的榎本径(大野智 饰)完成了不可能的任务,以高超的技术开启了金库的大门。好奇心爆棚的纯子因此拜托对密室有兴趣的榎本参与解决这桩密室死亡事件。 于是芹泽、纯子和榎本组成了密室案三人组,接二连三阴差阳错地解决了各类密室杀人案,上锁的房间一一被开启。沉默寡言一心研究撬门溜锁的榎本也在一系列的案件中得到了芹泽和纯子的信任和喜爱,而榎本的背后似乎掩埋着什么不可告人的秘密?
美绪介绍下,他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦(森谷帝二的弟子,第一弹《引爆摩天楼》中,森谷曾向新一挑战)、天才程序员原。期间灰原的举动异常。 大木提前入住B塔被害,目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系,不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片,两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织,并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因,却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉(灰原)。 开幕酒会上,美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀,死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图,她的身下也有一个小酒杯,不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接,A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻,柯南注意到正有一支枪瞄准园子,心中给出了所有疑问的答案,但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。