善于使用土遁术的兵卫虽然憎恨生父，但仍接受任务，率领蜘蛛军团扑向拜一刀父子。沿途帮助过父子二人的普通百姓皆死于土蜘蛛手下，迫使拜一刀不敢乞食和投宿，以消耗其体力。待时机成熟，兵卫与拜一刀展开对决。 蜘蛛军团的失手令烈堂陷入狂怒，遂调来全部人马与拜一刀父子在雪山展开决战……
在人们与风共度的城镇·风罗市，每年都会举行一次“风祭”。在祭典的最后一天，传说中的宝可梦·洛奇亚会出现，并带来恩惠之风——在这样的古老传说仍然流传之际，聚集在城镇的人们怀抱各自的心绪前去参加祭典……。 宝可梦的新手女高中生，莉莎。
Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
