拥有能够回想起过去体验过的全部记忆的“记忆保持”能力的浅井惠,以及拥有“最大能够将世界倒带3天”的“重启”能力的春埼美空。她自身也受到“重启”的影响而失去了记忆,但通过与决不会忘记任何事情的惠齐心协力,两人得以将过去重来,并改变现在—。 但,也存在着即使是这样的两人也无法重来的“过去”。那是,两年前同级生相麻堇受到“重启”的影响而消失的事情。 两人从属于名为“服务社团”的社团活动,一边过着完成学生们各种各样委托的每一天,一边寻找着能够让相麻堇复活的方法。这样的他们收到了一件委托——“希望让死去的猫复活”。 为了消除在过去发生的“悲哀”,少年与少女穿越时间,前去改变世界—
能够选出最强高中生的上帝候选人可以成为下一个上帝。于是,一场开创性的战斗开始了。但一旦这种能力伤害到普通人类,他们自己的天赋就会逐渐消失。然而,一旦在战斗中获胜,一个人就可以拥有“空白天赋”(拥有者可以拥有任何想要的天赋),即使是最可怕的能力也是可能的。为了防止“空白人才”落入邪恶之手,树木决定执行自己的正义,保护“空白人才“。
某日,恭介突然表示要成立一支棒球队伍, 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中,理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会,潜入女生宿舍时被换上女装,一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情, 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中,理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而,这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及,理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语,自此开始——。