他们决定组队,展开一场激动人心的冒险,揭开真相。在调查过程中,他们遇到了各种神奇宝贝,并意外地发现了一个令人震惊的阴谋,这个阴谋可能会摧毁整个神奇宝贝宇宙。这部电影改编自任天堂3DS同名游戏,由罗布·莱特曼执导,瑞安·雷诺兹配音,饰演侦探比丘,贾斯汀·史密斯、凯瑟琳·牛顿等人主演。
Wille指示Akira(由Yuko Miyamura配音)和Shinri(由Masayama Sakamoto配音)夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji(由Keimei Ogata配音),但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意,跟随Ayanami(由Hyumi Lin配音)登上了突然入侵的9号航班,回到了千疮百孔的NERV总部。在这里,他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知,他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年,其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。