人类与怪兽之间的战斗，已是遥远的过去。 现在是宿有过去的怪兽之魂的少女“怪兽娘”出现的时代。 成为放晴GIRLS一员的阿基拉、米克拉斯、乌英达姆， 确实地有所成长，过着充实的每一天。 某天，传来了新种的“影”引发问题的情报。
故事发生在一年的战争期间，与第一代高达的故事相似。前往地球前线工作的年轻联邦军官斯洛·山田在一次偶然的交火中遇到了敌人，基因军的女飞行员艾娜·萨哈林。
1945年,盟军突入德国,德国疯狂科学家李然博士研究的项目----科学怪人法兰克的心脏被潜艇秘密转移到了其同盟国日本的广岛陆军医院,供起研究出不死的士兵,然而核子爆炸使一切化为灰勁.十五年后,科学家在广岛研究核子放射能对人类还有环境的研究中,意外的发先了一个孩子,在检测 中发现其虽然受过核子放射能的照射,但一点都没有被污染,经过调查发现原来这个孩子在核子爆炸后迷一样的出现在广岛的英树医院(原广岛陆军医院),而且他还在不停的变大,所以科学家们推测当年的法兰克的心脏在受到了放射能的影响后,发生了异变,他们称其为广岛怪人法兰克.然而这时的法兰克已经变大到人们不可控制的地步,并且逃出了医院,另一方面,在秋田油田,出现了地底怪兽,最后两只巨大的生物在平原相遇,并进行了激烈的战斗,最后法兰克用火战胜了地底怪兽,然而与此同时一只大章鱼在悄悄的接近他.........
