《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。原來這裡是為了爭奪半價便當而展開熾熱混戰的戰場!佐藤受到此種超乎想像的戰爭深深吸引, 因此試著與同在超市的同學‧白粉花聯手奪取半價便當,卻被突然現身的美女「寒冰魔女」打得體無完膚, 接著,那位女性對佐藤說出了……