人类通常采取的措施是用武力来歼灭她们，或者是—— “与其约会，使其娇羞”！ 让精灵娇羞，再通过“接吻”即可封印其力量，并转化为自己的力量。拥有这种能力的高中生五河士道，为了人类的和平，也为了拯救精灵们，从而展开了和她们之间的“约会”。士道平时要抑制曾将精灵们卷入斗争的强大灵力，有时为了保护她们也会使用这股力量，通过这样的方式，士道把夜刀神十香等精灵们一次次从危机中解救出来，人类和精灵之间的关系以及处理方法也在悄然改变…… 同时，也有一些组织使用与士道所在的”拉塔托斯克“不同的手段，与精灵们对峙。 短暂的平静即将被打破，士道等人的战争（约会）又要开始了——
一天，一艘名为“I401”的潜艇出现在她面前。就这样，这群人成了潜艇的驾驶员。4月1日，一群同志聚集在潜艇里，怀抱着拯救人类的伟大理想，包括黑暗无忧无虑的吉原义弘（宫泽义弘配音）、温柔机智的八一静香（富山直也配音）、戴着面具的神秘编织和尚（松本鸣人配音）和活泼可爱敏捷的伊豆（津田美波配音），为了夺回本应属于人类的领土，与敌人展开了一场激烈的战斗。
