郊外神社的神殿里，九位年轻武士在秘密开会，城代家老的外甥井坂（加山雄三饰）准备向大目付菊井求助整治内部问题。但外貌邋遢的武士椿三十郎（三船敏郎饰）出现，告诉他们菊井才是背后的黑手。
富士山下的小村庄正在进行热闹的祭典，突如其来的山火却让人们陷入恐慌之中，而天文学家白石良一（平田昭彦 饰）则在混乱中失踪。不久，当地发生滑坡、天坑等离奇事件，更有一个巨大、恐怖的机器人出现，对周遭城镇进行大肆破坏。
经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。 在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（storage）”。在这支部队中有一位热血青年——夏川春树。 宇宙怪兽到达地球的那一刻，泽塔奥特曼和春树相遇了。自此两位热血青年的战斗故事开始了 。
