在亚美斯多利斯期间,爱德华・艾尔利克(朴璐美 饰)和弟弟阿尔方斯(钉宫理恵 饰)遭遇了还有两个月就可以刑满释放的越狱犯梅尔文(森川智之 饰),结果发现对方拥有不输于艾尔利克兄弟的强大炼金术。
警方為應付未確認生命體而開發了G3系統,這套G3系統是根據未確認生命體4號即幪面超人古迦的力量而設計出來,裝著員是一位叫冰川誠的警員,為人真誠但略為粗獷。警方另一部門在荒島上發現了古代文明,並進行解碼。
某日,野原新之助(矢岛晶子 配音)正在公园里和风间(真柴摩利 配音)、妮妮(林玉绪 配音)等朋友们玩耍,意外遇见了一位名为金有久美子(钉宫理惠 配音)的神秘女子,久美子告诉小新,自己来自于遥远的未来世界,而彼时已经长大成人的新之助,正是自己的未婚夫。 跟随着久美子,小新一行人来到了未来,在那里,金友电机的社长,亦是久美子的父亲金有增藏手握大权,并且绑架了一直和自己作对的新之助。得知小新的到来会阻碍自己的计划,增藏派出了刺客,在强大的敌人面前,小新能否顺利救出新之助,并且帮助面前这个陷入了黑暗之中的世界重新找回光明呢?