故事发生在大陆历一六零四年,持续了三个世纪的漫长战争终于画上了终点,整片菲尔毕斯特大陆哀鸿遍野,满目疮痍。托鲁(间岛淳司 配音)和阿卡丽(原优子 配音)虽然没有血缘关系,却结为了义兄妹,两人相互扶持经历了残酷的战争,彼此之间结下了深深的羁绊。
2008年に放送されたSFアニメ「マクロスF」の劇場版2部作の後編。2009年にロングランヒットを記録した前編「劇場版マクロスF イツワリノウタヒメ」に続き、新天地を目指して宇宙を旅する移民船団「マクロス・フロンティア」を舞台に、ナゾの生命体バジュラとの戦いに身を投じる少年アルトと歌姫シェリル、シェリルにあこがれる少女ランカが織りなすドラマを描く。前編と同じ、テレビ版の総監督を手がけた河森正治が監督を務める。