故事发生在一年的战争期间，与第一代高达的故事相似。前往地球前线工作的年轻联邦军官斯洛·山田在一次偶然的交火中遇到了敌人，基因军的女飞行员艾娜·萨哈林。《银魂》的最后一章即将上演。坂田银实（杉田纪和配音）在电影院抓到了一个偷电影的小偷，但在耀眼的白光之后，他被带到了一个有点陌生的世界。在离江户不远的地方，繁华的过去已经不复存在，高层建筑已经成为无人居住的废墟。
