Wille指示Akira(由Yuko Miyamura配音)和Shinri(由Masayama Sakamoto配音)夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji(由Keimei Ogata配音),但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意,跟随Ayanami(由Hyumi Lin配音)登上了突然入侵的9号航班,回到了千疮百孔的NERV总部。在这里,他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知,他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年,其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
然而,当案件重新组织时,搜索小组确定了“某个人”,他应该是罪魁祸首。柴崎的后代,如川口,开始采取行动。另一方面,独自追寻真相的柴琦,因某个电话而背负着“一些怀疑”。这部剧告诉了川城的故事,在无数的怀疑中,剥去了丝绸,茧,最终找到了真相。
白龙院家的少爷米斯是一个性格古怪充满了恶趣味的人,他给身为男性的库洛穿上了女仆的制服,以此为乐,并且不断的骚扰着库洛,令后者十分苦恼。 弗雷是米斯同父异母的弟弟,两人虽为兄弟,却亦是白龙院家主地位的竞争者。和飞扬跋扈的米斯不同,弗雷看上去安静而又温顺,可实际上,他内心里的算盘打得十分精明。弗雷和米斯同时爱上了库洛。