由“红王”周方尊领导的吠陀和由“绿王”宗相力士领导的权杖4在追捕某个事件的嫌疑人时相互对立:伊佐纳协会命名为小白。但小白对这件事没有记忆,在不知情的情况下,他躲避了两个团体的追捕。而出现在这样一个小白面前的,是一个身材修长、长发的黑衣男孩——夜刃神犬郎。正是因为与他相遇,小白的命运走上了不同的道路
这个故事告诉了一群疯狂的科学家为了追求他们的梦想,开发了一种机器,可以用几个基因复制神奇宝贝,并将世界上最强的神奇宝贝复制成一个比幻想能力更强的超级梦想。但当超人醒来时,他逃跑了,因为他找不到真实的自己。