Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
该机构最高负责人满美食大人（中村悠一 配音）对B级食物充满鄙夷，他决定彻底摧毁这些下等吃食。未久，A级美食的飞船飞临嘉年华，对底层料理手艺人进行无情驱逐。为了挽救B级美食，炒面阿健决定启用传承已达五十代的秘制酱汁。阿健的相好红子走投无路，将酱汁罐子交给春日部防卫队的各位。 小新和朋友们无意间承担起包围B级美食的重任……
