小智和皮卡丘将一起开始一场新的冒险。。。另一方面,在亚速特王国的超级机构城市,贾维斯部长获得了他多年来一直追求的终极发明——500年前在亚速特王国诞生的人造宝藏克蒙马奇纳。据说,在马吉亚纳邦内部有一种被称为“灵魂之心”的未知力量,贪婪邪恶的贾维斯试图利用这种力量统治王国。小智和波尔克尼恩将如何解决他们之间的分歧?Polkenyon和Majana的起源是什么?他们如何携手对抗贾维斯,拯救亚速特王国?马吉安娜的最终命运是什么?神奇宝贝历史上最伟大的战斗即将开始!
拥有美丽外表但性格孤僻的大小姐榊由美子(田中凉子 配 音)、个性开朗活泼,稍稍有些男孩子气的周防天音(田口宏子 配音)、倔强傲娇运气极差的松岛满(水桥香织 配音)、外表天真可爱实则有着悲惨过去的入巢莳菜(民安智惠 配音)和尽忠职守的天然呆小岭幸(清水爱 配音),五个表面看来天真烂漫的女孩,各自却有着灰暗的过去,雄二的到来能否扫清她们心中的阴霾?