在同一家公司工作的何楠（川端博美饰演）和亚吉（川端长泽饰演）彼此都很喜欢对方，但由于性格内向，他们从不说话。在一次咖啡店的约会中，经过一番探索，两人终于建立了浪漫的关系。然而，这段恋情才刚刚开始，一场可怕的噩梦随之而来。
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
女高中生相泽智对自己的青梅竹马久保田淳一郎说出“我喜欢你！”的表白，对方却以为是“挚友”的宣言，“充满男子气概”的女孩子想被喜欢的人“当成女生”看待，结果总是加深两人的男子友情，环绕两人的恋爱喜剧。
