位于被群山环绕受到湿润气候恩惠的“钪纳村”也正在从战争的伤害中重新站起来，受惠于盛产的稻米。但是村里的人们却不能因为米量的丰渥而快乐起来。因为每年都会有黑色威胁“山贼”——过去再战场上风光一时的机械化武士们，数之不尽的席卷而来。战争终结之后的他们早已失去了生活的目的，转而成群结队的去蹂躏村庄抢夺稻米与女人。 抵抗即死--只知道耕作的农民们对于收获期的们的袭击除了无可奈何的接受之外，并没有其它生存下去的方式。对于在收获期之前前来视察稻米状况的山贼，康娜村的长老伪作倡导彻底抗战到底，不过村民们发出了反对的意见。但是伪作早就已经有击退山贼的妙计了，能够对付山贼的只有武士。 就这样血气方刚的少年利吉和分配水的巫女云母及小町姊妹代表村庄朝向沙漠另一方的村庄。虹雅渓展开旅程--对于自小生长在纯朴的康娜村的云母们而言，既杂然又人口众多的虹雅渓是个让他们好奇心与困惑感相互交杂的异度空间，为了拉拢武士所带来的米也被小偷给偷去。从小偷手中将米给夺还回来的是名为了修行而来到了虹雅渓的一个叫做胜四郎的年轻武士。虽然小町和利吉马上就想着要拉拢他，但云母却以“没有战场的气息”为由加以拒绝。 就在这时出现了一名云母一行人认为“就是他了”的武士，其名为勘兵卫，他将在街头上发生的斗殴事件一瞬间的处理完毕并离去。那耀眼的模样让云母直觉地认为他才是能够拯救村庄的真正的武士……
谁知道呢，就在马刚弄清真相的时候，警察医院里的成人和儿童SPEC持有者被残忍地屠杀了。愤怒的丹玛无法抑制体内密封的SPEC，她勃然大怒，然后出现在帝国委员会。在Judas、Shigeru（井上春树饰演）和Rune（大岛裕子饰演）的见证下，Fatima的第三个预言实现了。恐怖而耀眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八英尺高的乌云覆盖着天空和太阳，为这个被欲望支配和毒害的世界迎来了毁灭的时刻。在命运的交汇点上，马和汾柳能阻止世界的毁灭吗？
