与此同时,双胞胎连环杀人事件接连发生,姐妹俩陷入了一个黑暗血腥的谜团;单向街:一位离异的记者带着年幼的女儿去郊区采访一位科幻小说家。随着神秘极光的出现,这位记者似乎进入了一条时间隧道,坠入了一个平行的世界;美丽的护士小璐来到某精神病院工作,那里有各种行为怪异的病人,医院背后也隐藏着令人震惊的秘密
通过司法考试的太柱单方面提出分手,理由似乎并不充分。原因是,一直照顾到现在的年迈女友美玉已经没有任何欲望了。与过去不同的是,变得更加自信的太秀为了继续与医生的课外导师肖恩京的热恋,去了首尔郊区的水煮鸡餐厅。
Wille指示Akira(由Yuko Miyamura配音)和Shinri(由Masayama Sakamoto配音)夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji(由Keimei Ogata配音),但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意,跟随Ayanami(由Hyumi Lin配音)登上了突然入侵的9号航班,回到了千疮百孔的NERV总部。在这里,他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知,他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年,其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。