在审判塔悲剧发生后，格里菲斯成功地获得了肉体，并在这个世界上复活了。然而，当格斯亲眼目睹格里菲斯的复活时，他的心受到了极大的震动。然后，由于这个边境地区的分裂，世界的形式开始崩溃。
宫泽风华（丰田裕子配音）曾经有一个成为偶像的理想，但在经历了一系列挫折后，她选择放弃理想，独自来到冲绳，希望能在这里疗伤。在冲绳，风华遇到了海坂雄心，两个女孩之间建立了真诚的友谊。在城市旅游协会工作的Kyo Takashi Lin（Lynn配音）、经常去水族馆帮忙的Nakamura Zhao（Ashikaga Kamiya配音）和水族馆管理员Ujima Shikonya（AshikagaYohei配音）很快就和风华交上了朋友。
从那时起，五年过去了。亚马逊几乎被驱逐，世界正在走向和平。然而，感染亚马逊细胞的普通人的亚马逊化现象继续扩大，政府成立了一个新的4C组织，秘密驱逐亚马逊化的人类。其中，童年时被亚马逊抚养长大并变身为假面骑士的年轻人亚马逊·尼奥对抗亚马逊。
