季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。
在住在京都的内向的男高中生直市（北村和树配音）面前，一个26岁的自己（松坂桃丽配音）突然出现了，他是10年后旅行过来的。未来的Naomi告诉他，她很快就会爱上Ryuki（由滨边美博配音），但后来她会因为烟花表演中的一场事故而意外去世。
