这个小忍者的日常学习既紧张又有趣，经常恶作剧。第一年暑假，四年叶组的七藤映丸（沟口隆也饰）和他的父亲七藤兴隆（陆和章史饰）遭到刺客万寿（直藤初中饰）和土守（石垣裕马饰）的袭击。这引发了忍术学院和由Ashikaga八方斋（松田宏饰演）领导的毒竹忍者团队之间的重大对抗。谁能敲响寺庙的钟声？鸣人和鸣人的对决开始了。。。这部电影改编自尼子Sao Bingwei连载的26年国民漫画《火影忍者里奥太郎》。
2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。
富士山下的小村庄正在进行热闹的祭典，突如其来的山火却让人们陷入恐慌之中，而天文学家白石良一（平田昭彦 饰）则在混乱中失踪。不久，当地发生滑坡、天坑等离奇事件，更有一个巨大、恐怖的机器人出现，对周遭城镇进行大肆破坏。
