久住直树（绿川光 配音）是一个拥有着灰暗过去的男孩，五年前，一场可怕的意外夺走了他的双亲令他成为孤儿，同时也带走了他的记忆。一天，直树在偶然之中看到了一位美丽的天使少女从天而降，哪知道第二天，这个天使以转校生的身份成为了直树的同学，她的名字叫做天崎美琴（草柳顺子 配音）。 在直树就读的莲美台学园，有着许多可爱的女孩。温柔贤惠的保健委员藤枝保奈美（神田理江 配音）、总是用无尽的耐心包容着一切的橘千寻（一美 配音）、性格活泼开朗的御宅美少女涉横茉理（梶田夕贵 配音），在这些女孩们的帮助下，直树能否渡过难关并且找回属于自己的记忆呢？
由于缺乏处理复杂人际关系的专业知识，一个刚上高中的名叫安藤聪（Kiyotsu配音）的年轻女孩决定不加入任何俱乐部，成为了一个真正的“返校部”（一个放学后直接回家的学生）。出乎意料的是，在她的学校里真的存在着一种身体上的“回归家园部门”。
谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。
